1.计算机网络技术在生物信息学中有何应用

2.学习生物信息学的目的是什么

3.生物信息学电脑配置

学生物信息用电脑系统,学生物信息用电脑系统可以吗

本人自大三就开始做生物信息,现在即将读博士,希望我的经验可以帮助到你。

既然你是想做生物信息学,那么相关背景什么的会了解一些,我在这就不多说了。

首先,确定你自己的背景专业,现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业,都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学,不同的专业将来做生信区别会很大。当然,做什么方向和背景专业并没有绝对关系。

如果是生物学背景,那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话,主要学几下几点就好:

1、一门脚本语言,个人推荐Python(Perl也可以,各有利弊,Python更新兴一些)。

2、Linux系统。这个也不是百分百要求,但是专业的生信人,都是用Linux的,而且很多软件都是不支持Windows的。

3、常用的生物信息学数据库,这里列出几个,NCBI,Ensembl,EBI,GENEbank等等,这些数据库下面还分子数据库,像GEO,GWAS catalog等。当然,还有方向更细的,像miRBase(miRNA数据库)等。

4、R,这也是一种编程语言,但更加侧重结果的展示,实际上也就是画图。

5、常用生信分析软件,这个没必要专门去学,需要用到他们的时候再学也不晚,都是很简单的东西。

如果是计算机背景,那么以后的工作可能主要是算法分析,创造新的生信分析软件,做数据库等。需要自学的就是以上的那些,再加一门工程语言,C,C++,C#,Java都可以。

计算机网络技术在生物信息学中有何应用

一、生物信息学是一门收集、分析遗传数据以及分发给研究机构的新学科(Bioinformatics is a new subject of genetic data collection,analysis and dissemination to the research community)。(林华安,Dr. Hwa A. Lim,1987)。

二、生物信息学特指数据库类的工作,包括持久稳固的在一个稳定的地方提供对数据的支持(Bioinformatics refers to database-like activities,involving persistent sets of data that are maintained in a consistent state over essentially indefinite periods of time)。(林华安,Dr. Hwa A. Lim,1994)。

三、生物信息学是在大分子方面的概念型的生物学,并且使用了信息学的技术,这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法,并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。(Luscombe,2001)。

具体而言,生物信息学作为一门新的学科领域,它是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看,生物信息学应包括这3个主要部分:⑴新算法和统计学方法研究;⑵各类数据的分析和解释;⑶研制有效利用和管理数据新工具。

生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。

生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术(尤其是因特网技术)的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据,其研究工具是计算机,研究方法包括对生物学数据的搜索(收集和筛选)、处理(编辑、整理、管理和显示)及利用(计算、模拟)。

学习生物信息学的目的是什么

生物学信息,因此计算机科学为生物信息学的研究和应用提供了非常好的支撑。

1.序列比对

序列比对其意义是从核酸、氨基酸的层次来比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性,进而推测其结构功能及进化上的联系。研究序列相似性的目的是通过相似的序列得到相似的结构或功能,也可以通过序列的相似性判别序列之间的同源性,推测序列之间的进化关系。序列比对是生物信息学的基础,非常重要。

序列比对中最基础的是双序列比对,双序列比较又分为全局序列比较和局部序列比较,这两种比较均可用动态程序设计方法有效解决。在实际应用中,某些在生物学上有重要意义的相似性不是仅仅分析单条序列,只能通过将多个序列对比排列起来才能识别。比如当面对许多不同生物但蛋白质功能相似时,我们可能想知道序列的哪些部分是相似的,哪些部分是不同的,进而分析蛋白质的结构和功能。为获得这些信息,我们需要对这些序列进行多序列比对。多重序列比对算法有动态规划算法、星形比对算法、树形比对算法、遗传算法、模拟退火算法、隐马尔可夫模型等,这些算法都可以通过计算机得以解决。

2.数据库搜索

随着人类基因组计划的实施,实验数据急剧增加,数据的标准化和检验成为信息处理的第一步工作,并在此基础上建立数据库,存储和管理基因组信息。这就需要借助计算机存储大量的生物学实验数据,通过对这些数据按一定功能分类整理,形成了数以百计的生物信息数据库,并要求有高效的程序对这些数据库进行查询,以此来满足生物学工作者的需要。数据库包括一级数据库和二级数据库,一级数据库直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释;二级数据库是对基本数据进行分析、提炼加工后提取的有用信息。

分子生物学的三大核心数据库是GenBank核酸序列数据库,SWISS-PROT蛋白质序列数据库和PDB生物大分子结构数据库,这三大数据库为全世界分子生物学和医学研究人员了解生物分子信息的组织和结构,破译基因组信息提供了必要的支撑。但是用传统的手工分析方法来处理数据显然已经无法跟上新时代的步伐,对于大量的实验结果必须利用计算机进行自动分析,以此来寻找数据之间存在的密切关系,并且用来解决实际中的问题。

3.基因组序列分析

基因组学研究的首要目标是获得人的整套遗传密码,要得到人的全部遗传密码就要把人的基因组打碎,测完每个小的序列后再把它们重新拼接起来。所以目前生物信息学的大量工作是针对基因组DNA序列的,建立快速而又准确的DNA序列分析方法对研究基因的结构和功能有非常重要的意义。对于基因组序列,人们比较关心的是从序列中找到基因及其表达调控信息,比如对于未知基因,我们就可以通过把它与已知的基因序列进行比较,从而了解该基因相关的生理功能或者提供疾病发病机理的信息,从而为研发新药或对疾病的治疗提供一定的依据,使我们更全面地了解基因的结构,认识基因的功能。因此,如何让计算机有效地管理和运行海量的数据也是一个重要问题。

4.蛋白质结构预测

蛋白质是组成生物体的基本物质,几乎一切生命活动都要通过蛋白质的结构与功能体现出来,因此分析处理蛋白质数据也是相当重要的,蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定,因此根据蛋白质序列预测蛋白质结构是很重要的问题,这就需要分析大量的数据,从中找出蛋白质序列和结构之间存在的关系与规律。

蛋白质结构预测分为二级结构预测和空间结构预测,在二级结构预测方面主要有以下几种不同的方法:①基于统计信息;②基于物理化学性质;③基于序列模式;④基于多层神经网络;⑤基于图论;⑥基于多元统计;⑦基于机器学习的专家规则;⑧最邻近算法。目前大多数二级结构预测的算法都是由序列比对算法BLAST、FASTA、CLUSTALW产生的经过比对的序列进行二级结构预测。虽然二级结构的预测方法其准确率已经可以达到80%以上,但二级结构预测的准确性还有待提高。

在实际进行蛋白质二级结构预测时,往往会把结构实验结果、序列比对结果、蛋白质结构预测结果,还有各种预测方法结合起来,比较常用的是同时使用多个软件进行预测,把各个软件预测结果分析后得出比较接近实际的蛋白质二级结构。将序列比对与二级结构预测相结合也是一种常见的综合分析方法。

蛋白质二级结构指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕的方式。二级结构主要有α-螺旋、β-折叠、β-转角等几种形式,它们是构成蛋白质高级结构的基本要素,常见的二级结构有α-螺旋和β-折叠。三级结构是在二级结构的基础上进一步盘绕,折叠形成的。研究蛋白质空间结构的目标是为了了解蛋白质与三维结构的关系,预测蛋白质的二级结构预测只是预测蛋白质三维形状的第一步,蛋白质折叠问题是非常复杂的,这就导致了蛋白质的空间结构预测的复杂性。蛋白质三维结构预测方法有:同源模型化方法、线索化方法和从头预测的方法但是无论用哪一种方法,结果都是预测,采用不同的算法,可能产生不同的结果,因此还需要研究新的理论计算方法来预测蛋白质的三维结构。

图4.1 蛋白质结构

目前,已知蛋白质序列数据库中的数据量远远超过结构数据库中的数据量,并且这种差距会随着DNA序列分析技术和基因识别方法的进步越来越大,人们希望产生蛋白质结构的进度能够跟上产生蛋白质序列的速度,这就需要对蛋白质结构预测发展新的理论分析方法,目前还没有一个算法能够很好地预测出一个蛋白的三维结构形状,蛋白质的结构预测被认为是当代计算机科学要解决的最重要的问题之一,因此蛋白质结构预测的算法在分子生物学中显得尤为重要。

5.结束语

现如今计算机的发展已渗透到各个领域,生物学中的大量实验数据的处理和理论分析也需要有相应的计算机程序来完成,因此随着现代科技的发展,生物技术与计算机信息技术的融合已成为大势所趋。生物学研究过程中产生的海量数据需要强有力的数据处理分析工具,这样计算机科学技术就成为了生物科学家的必然选择,虽然人们已经利用计算机技术解决了很多生物学上的难题,但是如何利用计算机更好地处理生物学中的数据仍是一个长期而又复杂的课题。

生物信息学电脑配置

生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。

目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术(尤其是因特网技术)的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据,其研究工具是计算机,研究方法包括对生物学数据的搜索(收集和筛选)、处理(编辑、整理、管理和显示)及利用(计算、模拟)。

生物信息学的主要研究方向: 基因组学 - 蛋白质组学 - 系统生物学 - 比较基因组学,1989年在美国举办生物化学系统论与生物数学的计算机模型国际会议,生物信息学发展到了计算生物学、计算系统生物学的时代。

生物信息学目前主要应用于:

1,序列比对;

2, 蛋白质结构比对和预测;

3, 基因识别,非编码区分析研究.;

4, 分子进化和比较基因组学;

5, 序列重叠群(Contigs)装配;

6, 遗传密码的起源;

7, 基于结构的药物设计;

8.生物系统的建模和仿真;

9.生物信息学技术方法的研究;

10, 生物图像;

如果你有意献身于科研事业,为人类未来的发展做出自己的贡献,这门学科还是有很大的发展前景的,如果想毕业找工作,估计会很难

二级生物实验室必须配备的设备?

二级生物安全实验室的基本配置

(1)实验台:不管是二级生物安全实验室,亦或是其他类型实验室,实验台都是必不可缺的,相关设备与用品均放置于此。其台面材质以耐酸碱的理化实芯板为宜,台面下有放置实验用品的抽屉与柜子。

(2)安全柜:这里说的安全柜为生物安全柜,根据国家规范要求,二级生物安全实验室必须配置1台安全柜。这是一种隔离设备,作用是防止实验室内的有害悬浮微粒扩散,能够提供对工作人员、实验样品、实验室内环境的全面保护。

(3)互锁式传递窗:根据国家规范要求,二级生物安全实验室必须配置2个互锁式传递窗,以确保物流的安全性。传递窗内要有紫外线灯,以便对进入实验室的物品消毒。

(4)互锁门:根据国家规范要求,二级生物安全实验室必须配置1套互锁门,互锁门的1扇门未关时,则无法打开另1扇门,从而起到了缓冲气流的效果。

(5)自动闭门器:二级生物安全实验室的房门上必须安装自动闭门器。

(6)洗刷台:在二级生物安全实验室的洗刷消毒间要配置洗刷台,且水要用实验室三联水,水槽与下水软管要用耐酸碱的PP材料。

(7)多功能微电脑控制仪:二级生物安全实验室内的温湿度显示与控制、送排风机的起停与起停顺序、照明开关、紫外灯控制,这些都通过多功能微电脑控制仪来控制。

(8)微压差表:根据国家规范要求,二级生物安全实验室必须配置1套具有显示室内、外压差量,并控制压差的微压差表。

(9)紫外灯:生物安全实验室必须配置2支紫外灯,以便为工作人员提供物理消毒。

(10)插座:实验室内必须要有插座,二级生物安全实验室也不例外,要配置数量足够的九孔插座与三相四孔插座才行,且插座均采用嵌入式设计。

化工类专业用电脑多吗?

多。

化工专业用到的Aspen、CAD、SmartPlant3D、MATLAB、ChemDraw、Origin等软件对电脑配置要求较高。选购笔记本电脑的时候需要格外注意。

CAD是最常用的画图软件,主要用来画施工设计图、工艺流程图等等。Aspen主要用来模拟化工生产的全过程,SmartPlant3D主要用来设计、优化化工生产的工艺。MATLAB、Origin等软件主要用来计算分析数据。

生物实验用的典液怎样配置?

量取35-40mL配制好的碘标准滴定溶液,置于碘量瓶,添加150mL水(15-20℃)。用硫代硫酸钠标准滴定溶液滴定,近终点时,添加2mL淀粉指示剂(10g/L),继续滴定至溶液蓝色消失。同时做空白试验。

稀碘液:取原碘液2mL,加碘化钾20g,混合后,加纯化水溶解定容至500mL,贮于棕色瓶内。

卫生信息类型?

医学信息学,MI(Medicineinformation)是医学和计算机科学的结合科学,是医学发展的必经阶段。是一门新兴的交叉学科。医学信息学最早应用于基础研究、临床实践、医院管理,现在扩展到区域卫生信息系统,国家卫生信息网络。

医学信息学(又称卫生信息学或医学资讯学),是信息科学,医学和卫生保健学等学科的交叉学科.它研究相关资源,设计和方法,以优化卫生和生物医学信息的获取、存储、检索和利用。医学信息学作为一门新兴的前沿交叉学科,其所使用的工具不仅包含计算机,信息学技术,而且还包括临床指导原则,相应的医疗术语和作为实现平台的信息通讯系统。

医学信息学包括一些下属子领域,如:生物信息学,药物信息学,公共卫生信息学,医学图形信息学等。

生物科学专业电脑推荐?

个人来分析一下

一,以生物科学专业来说,买笔记本电脑并不用太好的的配置,毕竟不用涉及到平面作图,设计一类,所以普通的G系列双核CPU或者I3系列CPU的电脑都够用了。

二,如果本身并不是为了专业而买电脑(比如,还玩游戏),那就应该买个好点的配置的,那样就可以两不耽误。

具体推荐,华硕,戴尔,联想等品牌笔记本电脑。

推荐配置:i5系列处理器4G内存500G硬盘2G独显等。